| MEA - 5.9km ↑260m |
| 1 | | 大橋悠輔 | 0:43:34 | | 東北4 |
| 2 | | 小林 遼 | 0:44:07 | | 東京3 |
| 3 | | 松井 健哉 | 0:44:16 | | 名古屋3 |
| 4 | | 山上 大智 | 0:44:19 | | 東京3 |
| 5 | | 林真一 | 0:44:40 | | 名古屋4 |
| 6 | | 片岡裕太郎 | 0:46:33 | | 名古屋4 |
| 7 | | 津島直樹 | 0:47:17 | | 岩手4 |
| 8 | | 神谷 泰介 | 0:47:54 | | 筑波4 |
| 9 | | 谷川友太 | 0:48:06 | | 名古屋4 |
| 10 | | 大木 孝 | 0:49:08 | | 東京3 |
| 11 | | 横井 智哉 | 0:49:40 | | 慶應義塾3 |
| 12 | | 岡本 将志 | 0:49:41 | | 早稲田3 |
| 12 | | 古澤 誠実朗 | 0:49:41 | | 千葉4 |
| 14 | | 立川悠平 | 0:50:58 | | 新潟2 |
| 15 | | 田仲圭 | 0:51:38 | | 新潟4 |
| 16 | | 梶谷周平 | 0:52:11 | | 東北4 |
| 17 | | 堀田 遼 | 0:52:18 | | 東京1 |
| 18 | | 矢野 貴裕 | 0:52:19 | | 東京3 |
| 19 | | 宮本 佳記 | 0:52:39 | | 京都3 |
| 20 | | 松矢 將太郎 | 0:52:55 | | 京都3 |
| 21 | | 久保 貴大 | 0:53:16 | | 新潟3 |
| 22 | | 太田 瑛佑 | 0:53:22 | | 早稲田2 |
| 23 | | 伴 毅 | 0:53:24 | | 京都2 |
| 24 | | 沢 厚太郎 | 0:53:41 | | 名古屋3 |
| 25 | | 長谷 勉 | 0:53:45 | | 一橋2 |
| 26 | | 矢内 剣 | 0:53:46 | | 東京3 |
| 27 | | 古谷 嵩 | 0:53:48 | | 東京工業4 |
| 28 | | 三森 創一朗 | 0:54:33 | | 東北3 |
| 29 | | 水木 啓介 | 0:54:49 | | 早稲田4 |
| 30 | | 和気 昌弘 | 0:55:43 | | 東北3 |
| 31 | | 吉富 哲志 | 0:55:53 | | 名古屋2 |
| 32 | | 長峯大樹 | 0:56:14 | | 東北4 |
| 33 | | 八重樫集 | 0:56:21 | | 東北4 |
| 34 | | 山本哲也 | 0:56:22 | | 静岡3 |
| 35 | | 更科裕介 | 0:57:44 | | 新潟4 |
| 36 | | 菅谷 裕志 | 0:57:55 | | 名古屋2 |
| 37 | | 栄森 貴久 | 0:58:08 | | 京都4 |
| 38 | | 大牧勇人 | 0:58:27 | | 名古屋4 |
| 39 | | 杵村 悠司 | 1:01:06 | | 慶應義塾4 |
| 40 | | 谷口 寛彰 | 1:02:07 | | 早稲田2 |
| 41 | | 野々垣 亘 | 1:03:28 | | 一橋4 |
| 42 | | 中野 雅之 | 1:04:09 | | 東京2 |
| 43 | | 福田 雄希 | 1:04:41 | | 京都2 |
| 44 | | 伊藤瑛悟 | 1:05:52 | | 北海道4 |
| 45 | | 成田佑基 | 1:08:04 | | 岩手2 |
| 46 | | 小野 敦央 | 1:23:48 | | 東北2 |
| 47 | | 齋藤 遼一 | 1:37:28 | | 東北1 |
| | | 三谷 洋介 | DISQ | | 東京1 |
| | | 戸田 瑛 | DISQ | | 東北3 |
| | | 中井 智規 | DISQ | | 東北2 |
| | | 岡本 耀平 | DISQ | | 京都1 |