| ＭＪ - 2.6km ↑75m |
| 1 | | 近藤 康満 | 0:18:33 | | 東海高校 |
| 2 | | 深田 恒 | 0:18:49 | | 東海中学 |
| 3 | | 立川 悠平 | 0:18:56 | | 新潟大学 |
| 4 | | 尾崎 弘和 | 0:19:08 | | 麻布高校 |
| 5 | | 伴毅 | 0:19:29 | | 京都大学ＯＬＣ |
| 6 | | 太田 瑛佑 | 0:19:36 | | 早稲田大学 |
| 7 | | 大嶋 拓実 | 0:19:53 | | 東工大OLT |
8 |
| 菅谷 裕志 | 0:20:21 | | 名古屋大学 |
| 9 | | 橋本 知明 | 0:20:24 | | 東海中学 |
| 10 | | 鈴木 周 | 0:20:26 | | 東海高校 |
| 11 | | 楠 恵輔 | 0:20:55 | | 東工大OLT |
12 |
| 吉富 哲志 | 0:21:02 | | 名古屋大学 |
13 |
| 内田 亘紀 | 0:21:22 | | 名古屋大学 |
| 14 | | 佐藤 広志 | 0:21:26 | | 岩手大学 |
| 15 | | 平井 皓基 | 0:21:30 | | 東海高校 |
| 16 | | 谷口 寛彰 | 0:21:53 | | 早稲田大学 |
17 |
| 瀧本 拓央 | 0:21:54 | | 名古屋大学 |
| 18 | | 太田 晶久 | 0:22:25 | | 桐朋ＩＫ |
| 19 | | 横田 塁 | 0:22:39 | | 岩手大学 |
| 20 | | 永原 耀 | 0:23:23 | | 武相高校 |
21 |
| 荒居 孝紀 | 0:24:01 | | 名古屋大学 |
| 22 | | 森川 敏治 | 0:24:08 | | 東海中学 |
| 23 | | 箱山 昂汰 | 0:24:10 | | 東海中学 |
| 24 | | 福田 雄希 | 0:24:12 | | 京都大学ＯＬＣ |
| 25 | | 成田 佑基 | 0:24:22 | | 岩手大学 |
| 26 | | 小野寺 翔 | 0:24:26 | | 岩手大学 |
| 27 | | 栗田 欣喜 | 0:27:00 | | 武相高校 |
| 28 | | 大浦 洋平 | 0:27:49 | | 武相高校 |
| 29 | | 宮西 優太郎 | 0:31:14 | | 東海中学 |
| | | 辻 晃 | DISQ | | 金沢大学 |
| | | 佐藤 雄太郎 | DISQ | | 桐朋高校 |
| | | 矢野 貴裕 | DISQ | | 東京大学 |